Datenbank gelauncht

Nomenklatur für Bakterien

DSMZ-Wissenschaftler machen eine von Experten gepflegte Datenbank für die Nomenklatur von Bakterien verfügbar.

© Fotolia/Kateryna_Kon

Am 17. Februar hat das Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH die neue Website https://lpsn.dsmz.de gelauncht, die freien Zugang zu den beiden jetzt zusammengelegten Datenbanken Prokaryotic Nomenclature Up-to-date (PNU) und List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) bietet. Beide Datenbanken stellen Informationen zur Nomenklatur der Bakterien zur Verfügung. Das Leibniz-Institut DSMZ ist nicht nur die vielfältigste biologische Ressourcensammlung der Welt, sondern bietet der Wissenschaft und Industrie auch ein wachsendes einzigartiges Angebot an bioinformatischen Dienstleistungen.

Datenbank Prokaryotic Nomenclature Up-to-date
Prokaryotic Nomenclature Up-to-date (PNU) führte die DSMZ in den 1990er Jahren als Nebenprodukt des DSMZ-Stammkatalogs ein und entwickelte diese Datenbank zu einem eigenständigen Dienst für die Nomenklatur und Taxonomie von Mikroorganismen, als durchsuchbare Website und als Datei zum Herunterladen. Aufgrund des wissenschaftlichen Fortschritts müssen bereits benannte Bakterien oft umbenannt werden, da neue Untersuchungsmethoden eine andere taxonomische Zuordnung belegen – die PNU bietet Forschenden weltweit eine Übersicht über die Historie in der Benennung der Mikroorganismen.

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Im Jahr 2015 wurde PNU um eine Schnittstelle (Application Programming Interface, API) erweitert, um einen programmgesteuerten Zugriff auf die Daten zu ermöglichen. 2018 wechselte PNU zu einer eigenen Datenbankinfrastruktur und zu einem halbautomatischen Datenerfassungsansatz, was die Erfassung der Literaturdaten erheblich beschleunigte. Im Jahr 2019 wurde der Datenumfang erheblich erweitert. PNU machte jedoch nur einen kleinen Teil der in den internen DSMZ-Datenbanken enthaltenen Informationen zugänglich, nämlich die valide publizierten Namen von Gattungen, Arten und Unterarten von Bakterien.

Datenbank List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
Die List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) begründete 1997 der französischen Veterinärmikrobiologen Jean P. Euzéby und etablierte sich rasch als Schlüsselressource für die mikrobielle Taxonomie. LPSN bietet die valide publizierten Namen von Prokaryoten aller taxonomischen Kategorien sowie eine umfangreiche Sammlung von Notizen und eine Vielzahl von Seiten mit Hintergrundinformationen zu den Regeln der Nomenklatur von Mikroorganismen, einschließlich Rechtschreibung und Etymologie. Als Jean P. Euzéby 2013 in den Ruhestand ging, übernahm der Mikrobiologe Aidan C. Parte, der über umfangreiche Erfahrung in der Herausgabe von Zeitschriften und Büchern zur Taxonomie verfügte, die Leitung des LPSN. LPSN ist seitdem bei Mikrobiologen international anerkannt, doch aufgrund der enormen Zunahme der Anzahl der jährlich vorgeschlagenen mikrobiellen Namen wurde die Pflege immer komplizierter.

Da es erhebliche Überschneidungen zwischen den Zielen und dem Inhalt von LPSN und PNU gab, war es eine logische Konsequenz, dass die beiden Dienste zu einem einzigen wurden, wobei das höhere Profil von LPSN und die überlegene Technologie, die die Grundlage von PNU bildet, genutzt wurden. Im Jahr 2019 einigten sich Aidan Parte und die DSMZ darauf, die beiden Datenbanken zusammenzuführen und in die Infrastruktur der DSMZ zu integrieren. Nach der Integration aller Daten auf Ebene der einzelnen Taxonnamen wurde die neue LPSN-Website https://lpsn.dsmz.de erstellt, auf der ein einfacher Zugang zu umfassenden und aktuellen Informationen zur mikrobiellen Nomenklatur gewährleistet ist.

Informationen der DSMZ zur digitalen Sammlung
Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft ist die Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen ein wesentlicher Bestandteil der Forschungsinfrastruktur in Deutschland und eignet sich daher besonders für die langfristige Pflege wissenschaftlicher Datenbanken. Die integrierte PNU-LPSN-Datenbank bildet nun die Grundlage für die neue LPSN-Webseite, die PNU-API, den DSMZ-Stammkatalog, den Typ-(Stamm-)Genomserver (TYGS) und die bakterielle Metadatenbank BacDive, die alle von der DSMZ koordiniert werden. TYGS, der Nachfolger des vielzitierten Genom-zu-Genom-Entfernungsrechners (GGDC), ermöglicht eine genombasierte Taxonomie, die Phylogenien des gesamten Genoms sowie Arten- und Unterartengrenzen liefert.

Nach DSMZ-Angaben ist BacDive die weltweit umfangreichste Datenbank für standardisierte phänotypische Informationen über Bakterien, die aus Sammlungen mobilisiert und mit Literaturdaten angereichert wurden. Innerhalb von Hunderten von Datenfeldern bietet BacDive systematischen Zugriff auf unzählige Daten, einschließlich der weltweit größten Sammlung von API®-Tests. Und: Durch die Integration von LPSN in die digitale Sammlung der DSMZ und die Verknüpfung mit anderen gängigen Datenbanken werden die Sichtbarkeit und Verwendbarkeit dieser Dienste erhöht und verschiedene Möglichkeiten für Synergien geschaffen. Die langfristige Pflege gefährdeter Datenbanken sei eine notwendige Voraussetzung, um die wissenschaftlichen Herausforderungen der Zukunft zu meistern.

Quelle: DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen

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